Sekolahnya Para Juara SMA Muhammadiyah 1 Klaten berdiri pada tanggal 1 Agustus 1955. Pada masa-masa awal, lokasi proses belajar mengajar SMA Muhammadiyah 1 Klaten berpindah-pindah. Pada tahun 1955 hingga 1961 di belakang beteng dulu SD Muhammadiyah sekarang dipergunakan untuk Majelis Ekonomi atau sebelah timur Masjid Raya Klaten. Tahun 1961 sampai tahun 1964 pindah dilokasi rumah milik anggota persyarikatan Muhammadiyah Klaten, namun pada tahun ajaran 1964/1965 kembali lagi belakang beteng klaten. Tahun 1976 berlokasi di gedung “Lingga Harta Klaten”.Tahun ajaran 1968 sampai tahun 1982 di gedung milik A. Kasum sekarang dipakai untuk SMA Muhammadiyah 13 Kota , Klaten . Sejak tahun 1982 hingga sekarang menempati gedungnya sendiri di Jl. Sersan Sadikin Klaten. Berdirinya SMA ini adalah atas prakarsa dan perjuangan dari tiga anggota perserikatan Muhammadiyah, yaitu Bapak Dwijosungkoyo Ketua, Bapak Alwi Sudarmo Sekretaris, dan Bapak Drs. H. Mardjuki Mahdy Bendahara. Berkat keuletan para pengurus Muhammadiyah cabang Klaten, pada tanggal 1 Agustus 1963 SMA Muhammadiyah 1 Klaten mendapat status bersubsidi dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 28835/BI/1963 tanggal 27 September 1963 yang berlaku sejak terhitung sejak tanggal 1 Agustus 1963. Kepala Sekolah yang Pertama adalah Bapak Soetarmanto dibantu Bapak Ma’roef. Pada tahun ajaran 1956/1957 diganti oleh Bapak Ibrahim Cokrokartiko, dibantu Bapak M. Soetarjo. Tahun ajaran 1957/1958 sampai 1958/1960 dijabat oleh Bapak Ma’roef dengan wakil Bapak Soetejo, Tahun ajaran 1959/1960 kepala sekolah dijabat oleh Bapak Ma’roef dan wakil oleh Bapak Jalal Suripto. Pada tahun ajaran 1960/1961 Kepala sekolah untuk sementara dijabat oleh Bapak Jalal Suripto sebab Bapak Ma’roef diangkat menjadi Kepala sekolah di SMA Tunas Jaya Klaten. Tahun 1963 sampai 1985 Kepala sekolah di jabat kembali oleh Bapak Ma’roef dibantu oleh Bapak Jalal Suripto. Tahun 1985 sampai tahun 1995 kepala sekolah dijabat oleh Bapak Jalal Suripto dengan dibantu oleh lima wakil kepala sekolah. Tahun 1995 sampai tahun 2000 dijabat oleh Bapak Drs. Nawiyono. Dan pada tahun pelajaran 2000/2001 sampai tahun pelajaran 2004/2005 Kepala Sekolah dijabat oleh Bp. Drs. H. L. Haryanto, dengan dibantu oleh 5 wakil kepala sekolah, sebelum jabatan berakhir dia Bp. Drs, H. L. Haryanto, meninggal dunia maka jabatan Kepala Sekolah untuk sementara dijabat oleh Bapak Drs. H. Purwadi sampai ada pemilihan Kepala Sekolah yang baru. Baru pada awal tahun 2005 diadakan pemilihan Kepala Sekolah secara demokratis terpilihlah Bp. Drs. H. Muhni dengan suara terbanyak. Sehingga pada tahun pelajaran 2005/2006 sampai tahun pelajaran 2012/2013 Kepala Sekolah dijabat oleh Bapak Drs. H. Muhni dengan dibantu empat wakil kepala sekolah. Mulai Tahun Pelajaran 2013/2014 Kepala Sekolah dijabat oleh Bapak Drs. Aris Munawar.